Avec la mise en place progressive de la Loi sur l'Eau de 1992 et notamment la parution des arrêtés de 1996, le SATESE débute une réflexion visant à proposer une aide technique aux collectivités en matière d'assainissement non collectif. Ainsi deux nouvelles compétences sont mises en place par le Syndicat :
C'est durant cette période, que compte tenu de l'évolution de ses activités, le SATESE devient " Syndicat d'Assistance Technique pour l'Epuration et le Suivi des Eaux " : si l'intitulé change, le sigle reste.